Das CeRA ging aus der 1976 eingerichteten Abteilung für experimentelle Endokrinologie der Universitätsfrauenklinik und der von 1980-1989 bestehenden klinischen Forschungsgruppe für Reproduktionsmedizin der Max-Planck-Gesellschaft hervor. Das CeRA hat seit 1987 den Status eines WHO-Kollaborationszentrum zur Erforschung der männlichen Fertilität. 1994 wurde das CeRA zum Ausbildungszentrum für Klinische Andrologen der Europäischen Akademie für Andrologie (EAA) ernannt. Das CeRA war von 1999 bis Februar 2020 nach DIN EN ISO 9001 für den Geltungsbereich „Patientenversorgung und klinische Forschung in der Reproduktionsmedizin, Andrologie, Endokrinologie und Urologie“ zertifiziert. 
Das CeRA ist Heimat für die QuaDeGA (Qualitätskontrolle der Deutschen Gesellschaft für Andrologie) und bietet MTA-Kurse für die Ejakulatdiagnostik an. Außerdem werden in einem vom CeRA initiierten europaweiten Qualitätssicherungsprogrammes zum Nachweisstandard der Mikrodeletionen auf dem Y-Chromosom in regelmäßigen Abständen Ringversuche durchgeführt.