Unser Institut wurde 1959 als Medizinhistorisches Seminar der Westfälischen Wilhelms-Universität gegründet. Sein erster Direktor war Professor Dr. Karl Eduard Rothschuh (1908-1984), dessen Arbeiten auf den Gebieten der Medizin- und Wissenschaftsgeschichte sowie der Theorie der Medizin und Biologie die Einrichtung und ihre Mitarbeiter international bekannt machten.
Rothschuhs Lehrstuhl übernahm 1974 sein Schüler Professor Dr. Richard Toellner, der den Ausbau und die breite wissenschaftliche Orientierung des „Instituts für Theorie und Geschichte der Medizin“ – so seine Bezeichnung seit 1976 – fortsetzte und um die medizinische Ethik ergänzte. Nach Toellners Emeritierung (1995) leitete das Institut acht Jahre lang kommissarisch sein Mitarbeiter Professor Dr. Dr. Peter Hucklenbroich.
Im Jahr 2003 widmete die Fakultät den Lehrstuhl zu einer Professur für Ethik in der Medizin um und besetzte ihn mit Professor Dr. Bettina Schöne-Seifert. Gleichzeitig erfolgte eine erneute Namenserweiterung des Instituts auf „Ethik, Geschichte und Theorie der Medizin“. Seitdem kann die Fächer-Trias, die zu diesem Zeitpunkt auch in der neuen Approbationsordnung verankert worden war, in Forschung und Lehre in vollem Umfang vertreten werden. Die Medizintheorie wurde schwerpunktmäßig von Professor Dr. Dr. Peter Hucklenbroich, die Medizingeschichte von Professor Dr. Hans-Peter Kröner verantwortet. In deren Nachfolge wurde 2015 die Professur für Geschichte und Theorie der Medizin eingerichtet und mit Professor Dr. Hans-Georg Hofer besetzt.