Die Münsteraner Anatomie verfügt über eine umfangreiche Anatomische Sammlung. Die Exponate sind thematisch nach den Gebieten allgemeine und spezielle Em­bryo­lo­gie, Anatomie der Organsysteme sowie topographische und angewandte Anatomie ge­glie­dert.

Da das Anatomische Institut im 2. Weltkrieg zweimal ausgebombt wurde, sind nur noch relativ wenige historische Präparate vorhanden. Dabei handelt es sich um Wachs­­prä­pa­ra­te aus der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts von Tramond, Paris, so­wie um His-Ziegler Modelle zur Entwicklungsgeschichte und die von Wilhelm His (1831 - 1904) mit Hilfe des Gipsmodelleurs Franz Steger angefertigten Gipsmodelle zur to­po­gra­phi­schen Anatomie. Über die frühen Sammlungsbestände liegt vom damaligen Di­rek­tor der Medizinisch-Chirurgischen Lehranstalt, Carl Wilhelm Wutzer (1792 - 1863), eine Monographie mit dem Titel vor: "Bericht über den Zustand der anatomischen An­stalt zu Münster im Jahre 1830 nebst einer Beschreibung der bei derselben vor­han­de­nen Sammlung von Präparaten" (Münster 1830). Die alte Sammlung enthielt selbst pa­tho­lo­gische und physiologische Präparate, die z.B. durch Schenkung der Er­­ben des Duisburger Professors der Medizin Daniel Erhard Guenther (1752 - 1834) in ihren Be­stand gekommen waren.

Die meisten Exponate sind nach dem Neubau des Instituts unter der Leitung von Prof. Dr. Dr. Hellmut Becher bzw. in den späteren Jahren durch die Mitwirkung von Prof. Dr. Dietrich Eichner entstanden. Dabei wurde das ganze Spektrum an Prä­pa­ra­ti­ons­tech­ni­ken eingesetzt, so dass die Präparate nicht allein Ausdruck hand­werk­li­cher Kunst, son­dern zugleich Zeugnis von der Entwicklung der Prä­pa­rier­tech­nik sind. Unter den Prä­pa­raten befinden sich vereinzelt auch solche, die als Vorlage für Abbildungen im Ana­to­mie­at­las Sobotta-Becher dienten oder die wegen ihrer Seltenheit, z.B. ein Situs in­ver­sus to­ta­lis, von allgemeinem Interesse sind. Wegen der großen Bedeutung heu­ti­ger bildgebender Verfahren im Rahmen der medizinischen Diagnostik ist in der Samm­lung auch besonderes Gewicht auf eine Querschnittsanatomie gelegt, in der Trans­ver­sal­schnit­te durch den ganzen Körper mit ihrer oberen und unteren Schnitt­ebe­ne gezeigt werden.

Die Anatomische Sammlung war lange Jahre in einem Raum über den ehemaligen Prä­pa­rier­sä­len im Ostflügel untergebracht und öffnete nur selten ihre Türen. Seit einigen Jahren bemüht sich die Prosektur Anatomie mit tatkräftiger Unterstützung durch das Dekanat um eine zeitgemäße,  besser auf die vielfältigen Belange des ana­to­mi­schen Unterrichts abgestimmte Präsentation der zahlreichen Exponate. Ziel dieses langfristigen Projekts ist aber auch die Öffnung der Anatomischen Sammlung für einen breiteren Interessentenkreis.

Die baulichen Möglichkeiten des neuen PAN-Zentrums gestatten den Studierenden erst­­mals, auf ein und derselben Ebene einerseits eigene Präparationen durchzuführen, an­de­rer­seits instruktive Exponate der Sammlung zu studieren. Eine weitere Be­son­der­heit der Münsterschen Sammlung wird darin bestehen, dass sie - nach end­gül­ti­ger Fer­tig­stellung des PAN-Zentrums - anatomische Exponate im Zu­sam­men­hang mit Ex­­po­­na­­ten aus dem Institut für Pathologie präsentieren kann. Auf die­se Weise wird der Brückenschlag der Studierenden zwischen „Vorklinik“ und „Kli­nik“ schon in frühen Se­mestern wirkungsvoll unterstützt.

Für die Überarbeitung und Wiedereröffnung der Anatomischen Sammlung stellte MedAlum Münster bereits 2012 Spendengelder zur Verfügung, die jetzt unter an­de­rem dazu ver­wen­det werden,  ausgewählte Objekte der Sammlung neu zu beschriften bzw. für das Eigenstudium zu fotografieren und zu annotieren. Ein anderer Teil des Gel­des wird für Chemikalien ausgegeben, die für die ständige Pflege der Sammlung un­ent­behrlich sind.