Die 4C-seq-Technologie gehört zu den aktuellen Hochdurchsatzmethoden („Next Generation Sequencing“, NGS), die im Zusammenspiel zwischen Medizin, Biologie und Informatik revolutionäre Einblicke in die Entstehung und Entwicklung von Krankheiten wie z.B. Krebs erlauben. Der epigenetische Datentyp 4C-seq ermöglicht es, dreidimensionale Kontakte zwischen einem Punkt im Genom und dem Rest des Genoms zu untersuchen. Im Gegensatz zu genetischen Varianten sind diese epigenetischen Veränderungen potentiell umkehrbar, eine optimale Auswertung mittels Methoden der Informatik und Mathematik ist folglich auch für die Erforschung von neuen Behandlungsmethoden relevant. Die Auswertung von 4C-seq-Daten ist jedoch nicht einfach. Vorarbeiten aus einer langjährigen und erfolgreichen Kooperation des IMI mit dem Institut für Molekulare Tumorbiologie (IMTB) der Uniklinik Münster haben gezeigt, dass bereits existierende Programme noch nicht immer gute Ergebnisse für die Auswertung von 4C-seq-Daten liefern. Das Projekt hat daher zum Ziel, die technische Analyse der 4C-seq-Daten zu optimieren und bestehende Ansätze zur Auswertung weiterzuentwickeln. Zusätzlich werden Visualisierungsstrategien entworfen, um einen Überblick über die gefundenen Regionen zu bieten. Das fertige Programm wird den eigentlichen Algorithmus und Visualisierungsoptionen mit einer benutzerfreundlichen Oberfläche verbinden und so die Projektergebnisse für interessierte Anwender aus den Bereichen der Bioinformatik oder Biologie bzw. Medizin bereitstellen.

Kontakt: Dr. Carolin Walter, Sophie-Marie Wind, M.Sc.

Förderkennzeichen: WA 112315