Das grundsätzliche Förderprofil und die folgenden drei Hauptaufgaben des IZKF Münster sind in seiner Satzung festgelegt.

(a) Förderung von Spitzenforschung durch geeignete Formate.
(b) Förderung des wissenschaftlichen Nachwuchses, mit Fokus auf die zukünftige Generation von Clinician Scientists.
(c) Erwerb und Implementierung von Spitzentechnologien in Core Units sowie Entwicklung neuer Methoden in Z-Projekten.

Die übergreifende Strategie des IZKF Münster legt von Beginn an großen Wert auf die individuelle Förderung des wissenschaftlichen Nachwuchses. Einerseits erhalten Doktoranden und Postdoktoranden die Möglichkeit, innerhalb der gut ausgestatteten Forschungsprojekte exzellente Vorarbeiten für die eigene Karriere zu entwickeln.

Im Clinician-Scientist-Förderformat SEED.projects gewinnen forschungsbegeisterte Ärztinnen und Ärzte in Facharztausbildung neben klinischer Erfahrung in der Patientenversorgung auch umfassende wissenschaftliche Expertise durch eigenständige Projektförderung in der klinischen und experimentellen medizinischen Forschung.

Methodenentwicklungsprojekte oder sogenannte Z-Projekte sind ein besonderes Format der Forschungsprojektförderung. Dabei handelt es sich um hochtechnische Projekte, die sich eher auf die Validierung und Entwicklung spezieller Technologien als auf mechanistische Probleme konzentrieren. Sie werden im Rahmen des jährlichen Review-Prozesses unabhängig evaluiert. In den meisten Fällen werden sie für einen Zeitraum von zwei Jahren gefördert.

Core Units sind umfassende Konzepte für Hochdurchsatzmethoden, für die ein Bedarf in den IZKF- und anderen Forschungsgruppen der Medizinischen Fakultät bestehen sollte, um sich für eine Förderung zu qualifizieren. Es gibt keine jährlichen Ausschreibungen für Core Units.