Die Kühlgeräte der ZBB werden von der zentralen Leitwarte des Universitätsklinikums überwacht. Bei technischen Störungen (z.B. zu hohe Betriebstemperatur, Stromausfall, Tür zu lange geöffnet) wird automatisch ein Alarm in der Leitwarte ausgelöst und die verantwortlichen Mitarbeiter*innen der ZBB-MFM kontaktiert (24/7 Rufbereitschaft). Gemäß des lokalen Havarie-Managements wird versucht die Störungen schnellst möglich zu beheben. Bei Totalausfall eines Gerätes werden alle darin befindlichen Proben in ein laufendes Back-Up-Gerät überführt.

Alle Kompressor-betriebenen Kühlgeräte („Freezer“) der ZBB-MFM sind mit einer zusätzlichen/redundanten Temperaturüberwachung ausgerüstet, die kontinuierlich die Temperatur jedes Gerätes aufzeichnet und in einer zentralen Datenbank speichert. Die Historie der Temperaturverläufe ist damit für jedes Gerät in hoher zeitlicher Auflösung und über Jahre nachvollziehbar. Die Monitoring Daten können auch automatisiert analysiert werden, um zum Beispiel mögliche Ausfälle der Kühlgeräte frühzeitig zu detektieren und vorherzusagen.