Die Münsteraner Anatomie verfügt über eine umfangreiche Sammlung, deren Exponate sind thematisch nach den Gebieten allgemeine und spezielle Embryologie, Anatomie der Organsysteme sowie topographische und angewandte Anatomie gegliedert. Die Anatomische Sammlung bemüht sich seit Umzug in das neugebaute Institut 2012 um eine besser auf die vielfältigen Belange des anatomischen Unterrichts abgestimmte Präsentation der zahlreichen Exponate. Dazu gehört auch, dass ausgewählte Objekte der Sammlung digitalisiert und für das Eigenstudium ausführlich annotiert wurden.

In unserer Sammlung sind nur noch relativ wenige historische Präparate vorhanden. Dabei handelt es sich um Wachspräparate aus der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts von Tramond, Paris, sowie um His-Ziegler Modelle zur Entwicklungsgeschichte und die unter Leitung von Wilhelm His (1831 - 1904) angefertigten Gipsmodelle zur topographischen Anatomie. Bei neueren Exponaten wurde das ganze Spektrum an Präparationstechniken eingesetzt, so dass die Präparate Zeugnis von der Entwicklung der Präpariertechnik geben. Wegen der großen Bedeutung heutiger bildgebender Verfahrenwird in der Sammlung auch besonderes Gewicht auf eine Querschnittsanatomie gelegt, in der Transversalschnitte durch den ganzen Körper gezeigt werden.